Много раз уже это делал, но руки все не доходили записать.

Что бы сконвертировать ext3 в ext4 достаточно одного заклиниания:

tune2fs -O extents,uninit_bg,dir_index /dev/DEV

где /dev/dev РАЗДЕЛ с файловой системой.

После этого нужно поменять в /etc/fstab ext3 на ext4, и перезагрузиться.

И вот тут есть ньюанс. У вас обязательно должен быть физический доступ к консоли, т.к. при перезагрузке произойдет проверка раздела на ошибки, и fsck спросит у вас разрешение внести изменения. На случай если вам будет обломно подключать монитор к системнику  ради нажатия одной кнопки, нужно будет нажать “F”.